Okulumuz Burdur Lisesi bünyesinde ortaokul olarak eğitim ve öğretimine devam ederken iş yoğunluğunu azaltmak eğitim ve öğretimde niteliğin yükseltilmesini sağlamak ve hizmetlerin daha sağlıklı sürdürülebilmesi için İlköğretim Genel Müdürlüğünün 11/ EKİM /1994 tarih ve B.08.0.İGM.0.08.03.02./702 1 sayılı oluru, Orta Öğretim Genel Müdürlüğünün 02.09.1994 tarih ve 13963 sayılı oluru ve İlimiz Valilik Makamının 21.06.1994 tarih ve 700-Eğitim öğretim Şb./4670 sayılı olurları ile Burdur Lisesi bünyesinden ayrılarak müstakil müdürlüğe dönüştürülmüştür. İlimiz Valilik Makamının 26.08.1994 tarih ve 400/6611sayılı olurları ile Okulumuza "MERKEZ İLKÖĞRETİM OKULU" adı verilerek 1994-1995 eğitim – öğretim yılında bu isimle öğretimine başlamıştır. İlimizde HÜSNÜ BAYER'in 1971 Burdur depreminden önce Köprübaşı Mevkiinde takriben Kameriye Camisi ile Belediye Petrol işletmesi arasında bir alanda eski bir ilkokulun adı olması ve bu şahsın adının yaşatılması arzusuyla kamuoyundan gelen yoğun istek üzerine ve ayrıca HÜSNÜ BAYER'in yakınlarının okula yardımda bulundukları, bulunmaya devam edeceklerini beyan etmeleri, Burdur Belediyesi Meclis kararı ile Belediye Başkanlığının valilik Makamına ilimizde bir ilkokula HÜSNÜ BAYER adının verilmesini teklif etmesi, bu konuda genç işadamları derneğinin istek ve tekliflerinin olması gibi nedenlerden dolayı kamuoyu oluşmuş durumda olduğundan "MERKEZ İLKÖĞRETİM OKULU" adının "HÜSNÜ BAYER İLKÖĞRETİM OKULU" olarak değiştirilmesine İlimiz Milli Eğitim Komisyonunun kararı, Milli Eğitim Müdürlüğünün teklifi ve Valilik Makamının 27.08.1996 tarih ve 8112 sayılı oluru ile "MERKEZ İLKÖĞRETİM OKULU" adı "HÜSNÜ BAYER İLKÖĞRETİM OKULU" olarak değiştirilmiştir Önceleri birinci kademesi (1-5 arası sınıflar) olmadan ortaokul olarak (6,7,8.sınıflar) öğretimini sürdürmüş, daha sonraları kesintisiz 8 yıl uygulamasından sonra 1.sınıftan başlamak üzere 1. Kademe açılmıştır. Başlarda 1500'lerde olan öğrenci sayısı ilimizde diğer ilkokulların İlköğretime (kesintisiz 8 yıl) dönüştürülmesinden dolayı öğrenci sayısında hızlı bir düşüşe sebep olmuştur.

Okulumuz 2012 yılında 4+4+4 sistem değişikliğinden dolayı İmam Hatip Ortaokuluna dönüştürülmüştür. 2012-2013 öğretim yılında okulumuz 5.sınıfına 85 öğrenci kaydı yapılarak 4 şube oluşturulmuştur. 2014-2015 öğretim yılında 5-6-7. Sınıflar dörder şube ile öğretime devam etmektedir

            Okulumuz Burdurlu hayırsever Abdi ÖZEREN tarafından Şirinevler mahallesinde yaptırılan yeni binasına taşınmış ve okulumuzun adı Abdi Özeren İmam Hatip Ortaokulu olarak değiştirilmiştir.